L’Ordine Oscuro è un gruppo di Esorcisti creato direttamente dal Vaticano per contrastare l’ascesa del Conte del Millennio e la conseguente distruzione del genere umano.

L’Ordine è strutturato secondo 4 ranghi principali, eccoli:
Comandanti Supremi - Sono le massime autorità dell’Ordine Oscuro, direttamente in contatto con il Papa e il Vaticano. Sono in 5 e li vediamo per la prima volta quando Hebraska testa la compatibilità tra Allen e la sua arma Anti-Akuma
Generali Esorcisti - Sono in tutto 5 e sono gli Esorcisti più esperti, che hanno il compito di cercare e trovare nuovi compatibili dell’Innocence. Tra essi troviamo anche Marian Cross, il maestro di Allen
Supervisore - Komui Lee è il Supervisore dell’Ordine, responsabile di tutte le sezioni dell’Ordine e di tutti i centri sparsi per il mondo, riceve ordini direttamente dai Comandnti Supremi. È uno scienziato geniale ma anche pazzo, in grado di riparare le armi Anti-Akuma danneggiate
Esorcisti - Sono i guerrieri incaricati di distruggere gli Akuma e di radunare tutti i pezzi dell’Innocence. Sono sparsi in tutto il mondo, e ognuno di loro ha un tipo di arma Anti-Akuma. La maggior parte degli Esorcisti, prima di entrare a far parte dell’Ordine, hanno ricevuto un insegnamento dai Generali

All’interno dell’Ordine vi sono poi varie sezioni, incaricate di svolgere determinati compiti:
Sezione Scientifica - Si occupa di costruire oggetti che dovranno essere utili agli esorcisti nelle loro battaglie
Sezione Medica - Si occupa di curare gli Esorcisti feriti
Sezione di Ricerca - Costituita dai Finder, si occupa di cercare l’Innocence e, dopo averla trovata, proteggerla fino all’arrivo degli Esorcisti
Sezione Corrispondenza - Si occupa di informare gli Esorcisti delle missioni e di eventuali cambi di programma
Sezione Protezione - Si occupa di proteggere il quartier generale dell’Ordine e tutti i vari centri di comando
Sezione Affari - Si occupa del denaro, ma anche di eventuali collaborazioni con paesi esterni Sezione Amministrativa - Si occupa del vitto e dell’alloggio degli Esorcisti

Sparsi per il mondo vi sono vari centri di comando, che eseguono gli ordini impartiti dal Supervisore. Li troviamo principalmente in: Asia, Africa, Australia, Europa dell’Est, Nord America e Sud America