Naruto Uzumaki è un ragazzo di 12 anni che vive nel villaggio della foglia, sede dei ninja del Paese del Fuoco. Naruto insegue il sogno di diventare Hokage, ovvero il più forte ninja del villaggio. Tuttavia il giovane custodisce in sé un segreto di cui lui stesso è all'oscuro. Quando era ancora un neonato, il Quarto Hokage, per salvare il villaggio, a costo della sua vita sigillò dentro il corpo di Naruto il demone della Volpe a Nove Code. Da quel momento, il giovane fu visto come un mostro e nessuna persona parlò mai con lui.
Il ragazzo crebbe isolato, senza saperne il perché . Iniziò a comportarsi come un teppista per attirare su di sé l'attenzione e, fingendosi sempre allegro, mascherava l'enorme sofferenza sia per la perdita prematura dei genitori, sia per l'odio che gli abitanti del villaggio parevano provare per lui. Tutto questo fino a quando il maestro ninja di Naruto, Iruka Umino, cerca di salvargli la vita da un traditore, Mizuki, che aveva ingannato il ragazzo affinché rubasse un rotolo con delle tecniche proibite, e gli dimostra così che non tutti nel villaggio lo ritengono un mostro. Dopo aver sconfitto Mizuki con la Tecnica Superiore della Moltiplicazione del Corpo, una tecnica del rotolo,Naruto viene promosso genin dallo stesso Iruka e diventa ufficialmente un ninja, entrando a far parte del Gruppo 7, capitanato da Kakashi Hatake, con Sakura Haruno e Sasuke Uchiha.

Assieme ai suoi compagni, Naruto dovrà vedersela con svariati nemici, tra i quali spiccano Orochimaru, uno dei tre ninja leggendari, Gaara, nel cui corpo si trova lo spirito del Tasso Monocoda, un demone simile a quello che possiede Naruto, e Alba (Akatsuki), un'organizzazione segreta cui appartiene anche Itachi Uchiha, fratello di Sasuke, che qualche anno prima aveva sterminato tutto il suo clan, lasciando in vita soltanto il fratello minore.