Gon Freeks è un ragazzino che vive su un isola con la zia Mito e la nonna. Fin da neonato è cresciuto con la zia, abbandonato dal padre, Jin, e senza una madre.
Un giorno nella foresta incontra un Hunter di nome Kaito. Questo Hunter in realtà conosce il padre di Gon e gli fornisce molte informazioni. Gon rimane affascinato da Kaito e decide di diventare un Hunter, per seguire le orme di suo padre e per cercare di trovarlo
Durante il viaggio per raggiungere la sede dell'esame per diventare Hunter, Gon incontra Leorio, un aspirante medico che ha perso il migliore amico per una malattia incurabile, e Kurapica, unico sopravvissuto del clan dei Kuruta, sterminato dalla Brigata dell'Illusione.
Dopo mille avventure i tre raggiungono la sede dell'esame e qui conoscono Killua Zoeldyk, figlio di una famosissima famiglia di assassini.

Tutti insieme prenderanno parte all'esame per diventare Hunter, nel quale si scontreranno con Hisoka, un abile prestigiatore, Tompa, l'eliminatore dei nuovi arrivati, Anzo, un'abile Ninja, e Illumi, fratello di Killua.