In una misteriosa Europa ottocentesca vagano sulla Terra gli Akuma, misteriosi esseri, nati dalla disperazione e dalle tenebre del cuore umano, mostri che spargono morte e distruzione. Proprio per far fronte a questa piaga venne creato un gruppo di speciali guerrieri, gli Esorcisti, che sfruttando speciali armi, distruggono gli Akuma.
Tra questi troviamo Allen Walker, ragazzo innocente ma allo stesso tempo maledetto dal padre quando era piccolo, si ritroverà a poter “sfruttare” la propria maledizione nel suo lavoro di Esorcista.
Ancora prima di entrare a far parte a tutti gli effetti dell’Ordine Oscuro (nome del gruppo degli Esorcisti) Allen aveva già ben chiari i suoi obiettivi: distruggere tutti gli Akuma e sconfiggere il Costruttore, o Conte del Millennio, colui che approfittando della tristezza nel cuore umano corrompe gli umani con una falsa speranza di resuscitare i cari defunti, e crea gli Akuma dalle anime dei morti richiamati dall’aldilà.
Fu allievo del Generale Marian Cross, anch’egli Esorcista appartenente all’Ordine Oscuro. Dopo tre anni di “tirocinio”, Cross decide di mandare Allen al Quartier Generale, per permettergli di diventare a tutti gli effetti un Esorcista. Ma trovare il Castello dell’Ordine non è facile, perciò gli affida un golem di nome Timcampi, che lo aiuterà a raggiungere la meta.
Una volta arrivato al Quartier Generale, scopre qual è il vero scopo degli esorcisti: ritrovare tutti i pezzi dell'Innocence, un oggetto dai formidabili poteri che contrasta la Dark Matter usata dal Conte del Millennio per creare gli Akuma.